宿敵「黒の組織」と「名探偵コナン」がついに激突!!　13作目の最新作は、原点「なぜ、高校生探偵・工藤新一は江戸川コナンになったのか？」とリンクするバトル・サスペンスです。今回の映画でなぞの一つが解明できる!?

　東京を中心に発生した6件の広域連続殺人事件。目暮警部ほか、各県の刑事たちに加え、小五郎も捜査会議に参加する。ふとしたことでコナンは会議を抜けた一人の刑事がスポーツカーに乗り込むところを発見。その車がかつて襲われた「黒の組織」の一人（ジン）のものだと気付く。「黒の組織」の者が会議に潜入して、ジンの車に乗って逃走したに違いない。連続殺人事件は「黒の組織」の仕業なのか？
　工藤新一が生きていることを、ジンが知れば、新一に関係したコナンの仲間たちも抹殺するだろう。あまりにも危険であることを承知の上でコナンは単独捜査を開始する！